Haedar menyatakan bahwa Muhammadiyah menyerahkan kewenangan tersebut kepada Pemerintah, dalam hal ini Kementerian Agama dan Majelis Ulama Indonesia (MUI).
Polemik Ponpes Al Zaytun
Ponpes Al Zaytun menjadi sorotan publik karena pernyataan yang disampaikan salah satu pimpinannya, Panji Gumilang.
Sebagian pihak menilai Panji Gumilang tidak tersentuh oleh hukum karena memiliki bekingan.
Penelitian yang dilakukan oleh Majelis Ulama Indonesia (MUI) pada tahun 2002 terkait keberadaan dan ajaran Ponpes Al-Zaytun menemukan fakta sebagai berikut, pertama, ajaran keagamaannya dinilai telah menyimpang. Kedua, Ponpes Al-Zaytun terindikasi terlibat atau terafiliasi dengan gerakan Negara Islam Indonesia (NII).