Organisasi ini muncul dengan mengusung melawan reformasi dan rezim Soeharto yang dipimpin Fahri Hamzah. KAMMI kemudian berubah menjadi sebuah partai Islam, sejalan dengan lengsernya kekuasaan Soeharto pada 21 Mei 1998. Para tokoh KAMMI pun mulai mendirikan sebuah partai  bernama Partai Keadilan (PK). 

Kendati lahirnya PK erat dengan KAMMI, tetapi keduanya tidak memiliki hubungan secara formal. 

Baca Juga: Berisi Loyalis Anas, Ini Profil PKN, Partai Peserta Pemilu 2024 Nomor 9

Partai Keadilan secara resmi dideklarasikan pada 20 Juli 1998 di  Masjid Al-Azhar, Kebayoran Baru, Jakarta. Pendeklarasian ini bersamaan dengan pengangkatan Nurmahmudi Ismail sebagai presiden PK yang pertama. 

Dilansir dari laman pks.id, pada 20 Oktober 1999 PK menerima tawaran kursi Kementerian Kehutanan dan Perkebunan (Hutbun) dalam kabinet pemerintahan KH Abdurrahman Wahid (Gud Dur), dan menunjuk Nurmahmudi Isma'il (kala itu presiden partai) sebagai calon menteri. 

Nurmahmudi kemudian mengundurkan diri sebagai presiden partai, digantikan oleh Hidayat Nur Wahid yang terpilih pada 21 Mei 2000. 

Baca Juga: Profil PBB: Partai Peserta Pemilu Nomor 13 yang Sudah 5 Kali Tampil

Pada 3 Agustus 2000, delapan partai Islam (PPP, PBB, PK, Masyumi, PKU, PNU, PUI, PSII 1905) menggelar acara sarasehan dan silaturahmi partai-partai Islam di Masjid Al-Azhar, dan meminta Piagam Jakarta masuk dalam Amandemen UUD 1945.

Akibat UU Pemilu Nomor 3 Tahun 1999 tentang syarat berlakunya batas minimum keikut sertaan parpol pada pemilu selanjutnya (electoral threshold) dua persen, maka PK harus merubah namanya untuk dapat ikut kembali di Pemilu berikutnya. 

Pada 2 Juli 2003, Partai Keadilan Sejahtera (PK Sejahtera) menyelesaikan seluruh proses verifikasi Departemen Kehakiman dan HAM (Depkehham) di tingkat Dewan Pimpinan Wilayah (setingkat Propinsi) dan Dewan Pimpinan Daerah (setingkat Kabupaten/Kota).