Kemudian terjadi peristiwa Semanggi II, pada 24 September 1999. Peristiwa ini menewaskan setidaknya 11 orang mahasiswa dan 217 orang terluka. Peristiwa ini dilatarbelakangi dari mahasiswa melakukan demonstrasi untuk menuntut pengesahan Undang-Undang Penanggulangan Keadaan Bahaya dibatalkan. Dalam pandangan mahasiswa, UU tersebut membuat tentara terlalu leluasa, hingga diduga telah banyak melakukan pelanggaran HAM. 

Baca Juga: Kilas Balik Pilkada 2018, Daftar Calon Tunggal Melawan Kotak Kosong

Komnas HAM menyatukan dokumen Tragedi Trisakti dengan Tragedi Semanggi karena dianggap ada kaitan satu sama lain. Terutama dalam konteksnya, di mana mahasiswa dan rakyat yang terlibat dalam demonstrasi sama-sama menuntut reformasi. 

• Kerusuhan Mei 1998

Pada 3 Mei 1998 terjadi kerusuhan di Kecamatan Dewantara, Kabupaten Aceh Utara. Pada saat itu, pasukan militer menembaki kerumunan warga yang sedang berunjuk rasa. Mereka menuntut kebenaran dari peristiwa penganiayaan terhadap warga pada 30 April di Cot Murong, Lhokseumawe. 

Setidaknya ada 23 orang tewas dalam tragedi penembakan oleh militer. Selain itu, ada setidaknya 30 warga sipil menjadi korban penyiksaan yang dilakukan oleh aparat.