Selain menawarkan berbagai keindahan alam, Goa Jomblang ini juga menyimpan sejarah yang kelam. Goa yang memiliki kedalaman bervariatif ini pernah jadi tempat pembantaian massal para anggota PKI. Beberapa sumber menyebut jika di goa ini terdapat ratusan anggota PKI yang dibunuh.

Para korban tersebut dibariskan di mulut goa dengan tangan terikat satu sama lain. Ketika waktu ditembak, mereka langsung masuk ke dalam goa dan tewas mengenaskan.